La historia de Náutico Hacoaj está muy relacionada con la Liga Metropolitana. Siempre fue un gran animador de esta competencia, pero sólo participó en tres finales y pudo quedarse con el título una vez. En lo que respecta de su participación en la Liga Nacional, su consagración se dio en la temporada 99-00, cuando venció a Olympikus y se alzó con el campeonato. Fue una final memorable con un equipo espectacular liderado por Mariano Silberstein como entrenador y Hernán Ferraro en la cancha, junto a Ronald Sarti, Kekia Rodríguez, Quique valle, Martín Efrón, Marcelo Schmukler y Marcelo Bar.
Siempre jugó a ganador. El entrenador se las ingenió en cada liga para estar entre los cuatro mejores, salvo en la última. Fue semifinalista en la 2000-2001, donde cayó ante el campeón Olympikus con Marcelo Silva en la cancha y Gastón Giani amaneciendo como figura. En la temporada pasada viajó a Las Flores para jugar como local y su éxito fue rotundo. El colombiano Carlos Zapata fue una de las incorporaciones de ese torneo por el centro, completado por Damián Bombelli, Guillermo Obeid, los hermanos Martín y Nicolás Efrón, Ignacio Riega, Martín Bielsky y la aparición de Sergio Amigo.
Para la pasada temporada mantuvo la base con la llegada nuevamente de Damián Bombelli y la incorporación del colombiano Alexander Moreno como opuesto, uno de los destacados del torneo, pero la irregularidad fue una de sus dificultades. La aparición del juvenil armador Santiago Orduna, quizás, fue lo más relevante de la temporada para el equipo.
En este nuevo año, Hacoaj mudará su sede a Saladillo, con el patrocinio de la marca deportiva Le Coq. La vuelta del opuesto venezolano Ronald Sarti es un dato relevante para un equipo que tiene aspiraciones de entrar a lo splay off y pelear entre los de arriba. Además, se suma la vuelta de los centrales Laejandro Saadía y Marcelo Bar, campeones de la Liga de Israel el último año. El armador será Anré Eloi, hermano del atacante brasileño de Club de Amigos Marcus Eloe.
